вопрос

как сделать тоже самое но с использованием одного контрола, но двух pane-ов?

пробовал описаный вариант, при изменении размеров окна все разъезжается

То же самое для одного ZedGraphControl

В событии перерисовки делаете пересчет:

_graph.Paint+=new System.Windows.Forms.PaintEventHandler(this._GraphPaint);
void _GraphPaint(object sender, System.Windows.Forms.PaintEventArgs e) {
	using (System.Drawing.Graphics g = _graph.CreateGraphics()) {
		_sensorPane.Chart.Rect = _sensorPane.CalcChartRect(g);
		_counterPane.Chart.Rect = _counterPane.CalcChartRect(g);
	}
	if (_sensorPane.Chart.Rect.Width > _counterPane.Chart.Rect.Width) {
		_sensorPane.Chart.Rect = new System.Drawing.RectangleF(
			_counterPane.Chart.Rect.X,
			_sensorPane.Chart.Rect.Y,
			_counterPane.Chart.Rect.Width,
			_sensorPane.Chart.Rect.Height);
	}
	else {
		_counterPane.Chart.Rect = new System.Drawing.RectangleF(
			_sensorPane.Chart.Rect.X,
			_counterPane.Chart.Rect.Y,
			_sensorPane.Chart.Rect.Width,
			_counterPane.Chart.Rect.Height);
	}
}